上海市闵行区肿瘤医院于2004年1月7日正式奠基开工，由上海市第五人民医院、闵行区中心医院共同投资、共同管理的一所独立医疗机构。2004年10月20日正式冠名为上海市闵行区肿瘤医院。2006年12月1日委托复旦大学附属肿瘤医院管理，采取所有权与经营权相分离的模式，并由复旦大学校长办公会议同意和批准第二冠名为复旦大学附属肿瘤医院闵行分院。
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